研究所の沿革

昭和24年6月
(1949年) 		農林省水産庁の機関として全国に８つの海区水産研究所が設立された。その一つとして瀬戸内海を担当する内海区水産研究所が広島市に、太平洋南区を担当する南海区水産研究所が高知市に設置された。

広島市宇品町
昭和42年8月
(1967年)　 		組織改正により、内海区水産研究所と南海区水産研究所が廃止され、内海区水産研究所の全部門と南海区水産研究所の沿岸漁業資源担当部門が統合され、瀬戸内海と太平洋南区を担当する南西海区水産研究所が新たに広島市に設置された。研究所は４つの研究部を有し、内海資源部と増殖部は広島市に、外海資源部と海洋部は高知市にそれぞれの庁舎が置かれた。

高知市桟橋通り
昭和43年4月
(1968年) 		企画連絡室が新設され広島庁舎に置かれた。
昭和45年6月
(1970年) 		広島庁舎が広島県佐伯郡大野町に移設された。以下、大野庁舎と呼称変更。

広島県佐伯郡大野町
昭和47年5月
(1972年) 		沖縄県が南西海区に加えられた。
昭和54年4月
(1979年) 		赤潮部が新設され、大野庁舎に置かれた。
昭和63年4月
(1988年) 		組織改正により、内海資源部が資源管理部に、赤潮部が赤潮環境部に、増殖部が資源増殖部に、外海資源部が外海調査研究部にそれぞれ改組されるとともに、高知庁舎に黒潮調査研究官が新設された。海洋部は廃止された。
平成10年10月
(1998年) 		組織改正により南西海区水産研究所が廃止され、瀬戸内海を対象に漁場環境の保全と持続的漁業の推進に関する研究を担う瀬戸内海区水産研究所が大野庁舎に設置された。その研究部門は、前身の南西海区水産研究所の研究部から再編された瀬戸内海海洋環境部・赤潮環境部・海区水産業研究部及び漁場環境保全研究官と、中央水産研究所から移設された環境保全部で構成された。この組織改正に伴い、２代目「しらふじ丸」は瀬戸内海区水産研究所に、４代目「こたか丸」は中央水産研究所高知庁舎に配置された。
平成13年4月
(2001年) 		国立機関組織改正により独立行政法人水産総合研究センター瀬戸内海区水産研究所に移行した。
平成15年4月
(2003年)		 組織改正により瀬戸内海海洋環境部と海区水産業研究部が統合し生産環境部とし、環境保全部を研究内容に対応した化学環境部とした。
平成18年4月
(2006年) 		第二期中期計画開始に伴い企画連絡室及び総務課の体制を見直し、業務推進部が新設された。さらに、伯方島栽培漁業センター及び百島栽培漁業センターの統合に伴い研究部の体制を見直し、栽培資源部が新設された。
平成23年4月
(2011年)		 第三期中期計画開始に伴う組織改正により、屋島栽培漁業センター及び玉野栽培漁業センターが瀬戸内海区水産研究所に統合された。これに伴い、研究部の見直しが行われ、上記の２センターと栽培資源部が増養殖部となり、百島庁舎へ新たに全国対応の海産無脊椎動物研究センターが設立された。また、組織のスリム化を目指し、赤潮環境部と化学環境部が統合され環境保全研究センターとなった。
平成27年4月
(2015年) 		独立行政法人通則法の改正により、国立研究開発法人水産総合研究センター瀬戸内海区水産研究所に移行した。玉野庁舎（増養殖部資源増殖グループ）の業務を他の庁舎に移転した。
平成28年4月
（2016年）		  国立研究開発法人水産総合研究センターと独立行政法人水産大学校が統合し、国立研究開発法人水産研究・教育機構が発足した。